Аннотация:Целью данной работы является оптимизация существующего программного комплекса для моделирования протекания химических реакций в нанопоре мембраны методом молекулярной динамики. В процессе работы над программным комплексом, проведено изучение теоретического базиса, анализ программной реализации и оптимизация существующего кода. Проверена правильность работы оптимизированной версии программы и исправлены существующие недочеты программного комплекса. Работа состоит из введения, трех глав, выводов по работе, изложенных на 74 страницах, содержит 34 рисунка, 6 таблиц, 32 ссылки на литературу в библиографическом списке и четырех приложений.